核心功能
探索 BassAnalyzer 强大的功能集，加速您的研究工作
参数设置
- 自定义视野选择
- 通道与轮次设置
- 编码本配置
- 运行资源自定义
图像处理算法
- Starfish 点识别
- 局部最大值点识别
- DeepCell 细胞分割
- Cellpose 分割（GPU）
- 自定义分割结果上传
去噪算法
- Deconvolve 解卷积
- 光强均一化校正
- 高通/低通滤波
- 强度裁剪（clip）
自动化流程
- 一行命令运行全流程
- 任务进度查看
- 自动创建运行环境
- 日志与故障记录
工作流程
探索 Pipeline 强大的工作流，加速您的研究工作
z 轴最大值投影
对每个 FOV 的图像在 z 轴方向取最大值，将 3D 图像转为 2D。
- 输入：多通道/多轮次 z-stack
- 操作：Max intensity projection
- 输出：每通道/轮次的 2D 图像
- 适用：后续配准与点识别
图像配准
基于 Ashlar 算法配准不同通道与轮次，确保空间对齐。
- 参考：DAPI 或指定参考通道
- 输出：统一坐标系下的对齐图像
- 支持：多视野批处理
- 用途：保证跨轮次空间一致
细胞分割
在 DAPI 图像上进行细胞分割（DeepCell/Cellpose 或自定义分割）。
- 算法：DeepCell / Cellpose
- 输入：DAPI 图像或外部分割掩膜
- 输出：细胞 mask 与属性
- 建议：Cellpose 使用 GPU 节点
点识别
使用 Starfish/局部最大值算法在点信号图像中识别点位。
- 输入：点信号通道图像
- 输出：点坐标与强度
- 过滤：阈值/邻域半径可调
- 兼容：多轮次信号整合
解码
结合 codebook 与点位信息进行解码，得到基因标签。
- 输入：codebook 与点坐标
- 输出：每个点的基因标签与置信度
- 策略：按编码规则匹配与容错
- 支持：多轮次一致性校正
基因分配
根据解码结果将点信号分配到对应细胞。
- 方法：点落入细胞区域或最近邻
- 输出：细胞-基因计数矩阵
- 统计：每细胞表达谱与汇总
- 导出：CSV/H5 结果文件